水の中に住む生き物は、自分たちにとって一番居心地のよい場所に、多く棲んでいます。
きれいな水を好む生き物はきれいな水の中に、汚れた水を好む生き物は汚れた水の中に、かたよって棲む傾向があります。この傾向は、水に住む生き物であれば、多かれ少なかれ、ほとんど全ての生き物に当てはまりますが、魚と違って同じ場所にとどまって生息することが多い底生生物では、特にはっきりと見られる傾向です。 そこで、ある場所に住んでいる底生生物を調べて、どんな水を好む生き物が多く住んでいるかを知ることができれば、その場所の水のきれいさの度合いを、大まかに知ることができます。その判定に利用される生き物を、指標生物といいます。

水の汚れと一口に言っても色々と種類があります（pH、水中のリンや窒素などの有機物の濃度など）が、生き物の生息に最も強く影響するのは、水中の酸素の量です。水中の酸素は、水温が低ければ多く溶け、水温が高ければ少ししか溶けません。また、水中の微生物が少なければ、酸素の量は多くなり、逆に微生物が多ければ不足します。そのため、水温が低く微生物の少ない上流に行くほどきれいな水の指標生物は多くなり、水温が高く微生物が多く生息する下流に行くほど、きたない水の指標生物が多くなる傾向があります。

指標生物を利用した水質判定では、判定する水域の水質を、水のきれいさの度合いによって、「きれいな水」「少しきたない水」「きたない水」「大変きたない水」という、４段階の階級に分けます。それぞれの水質階級が表す水域の環境は、おおよそ以下の通りです。

指標生物として利用されている生き物にはどんなものがいるのか、大まかに紹介します。

注:指標生物の中には、多くの種を含む「～のなかま」というような指定を受けているものもあります。そのため、指標生物の名前と図鑑ページの生き物の名前が一致していない場合があります。

例：タニシとヒメタニシの関係
指標生物として指定されているのはタニシの仲間全体です。その中にはおよそ４種類の仲間がおり、図鑑ページに記載されているヒメタニシはその中の１種です。

調査で生息が確認されたもの（４種）
アイコンをクリックするとそれぞれの図鑑ページへジャンプします。

確認されなかったもの（５種）
※未確認のため、図鑑ページはありません。

調査で生息が確認されたもの（７種）
アイコンをクリックするとそれぞれの図鑑ページへジャンプします。

確認されなかったもの（２種）
※未確認のため、図鑑ページはありません。

調査で生息が確認されたもの（６種）
アイコンをクリックするとそれぞれの図鑑ページへジャンプします。

確認されなかったもの（１種）
※未確認のため、図鑑ページはありません。

調査で生息が確認されたもの（４種）
アイコンをクリックするとそれぞれの図鑑ページへジャンプします。

確認されなかったもの（１種）
※未確認のため、図鑑ページはありません。

＜例＞ある地点で確認された指標生物の種類と数が、次の通りだったとします。

まず、それぞれの指標生物を、４段階の水質階級に区分けします。

次に、確認された指標生物１種につき１点を、それぞれの水質階級に加算します。

そして、最も個体数の多かった２種は、さらに追加で１点を加算します。最も多かったのはスジエビです。２番目に多かった種は、カワゲラとゲンジボタルで同数のため、両方に加算することになります。

計算を終え、それぞれの点数を比べてみると、「少しきたない水」の点数が最も多くなりました。そのため、この地点の水質階級は、「少しきたない水」ということになります。